Em um universo paralelo de Hunter x Hunter, a humanidade enfrenta uma terrível ameaça vinda do misterioso Continente Negro. Uma expedição liderada pelo Reino de Kakin desencadeou uma guerra brutal contra criaturas humanóides daquele território desconhecido, levando à extinção da maioria dos poderosos hunters. A única esperança recai sobre o décimo sexto presidente da Associação Hunter, Shinji Endo, e seus leais "Doze Zodíacos".

Enquanto as poderosas Famílias da Máfia consolidam seu domínio sobre os continentes e utilizam as Bestas das Sombras como seus instrumentos de controle, o mundo está mergulhado no caos. Shinji Endo anuncia o Exame Hunter, uma oportunidade de reunir hunters corajosos para lutar contra as abominações do Continente Negro.